Neste módulo, são apresentadas as funcionalidades e as ações disponíveis para a configuração, o cadastramento e a operacionalização do Protocolo da Prefeitura. Seu menu é composto pela seguinte estrutura: "Configuração", "Histórico de Arquivamento", "Atributo de Assunto", "Documento de Processo", "Classificação de Assunto", "Assunto de Processo", "Trâmite de Processo", "Processo" e "Relatórios".
Esta rotina é efetuada apenas uma vez e é necessária para adequar o software ao padrão de uso da prefeitura. Ela define mensagens que serão usadas na emissão de alguns documentos de protocolo (recibos, cartas de arquivamento de processo temporário e definitivo) e também as máscaras de entrada dos códigos de processo e classificação.
"Nome": este campo pede um caminho de configuração. O que significa isso? O caminho de configuração é o lugar onde está localizado, dentro do Urbem, determinado arquivo que, no caso da ação demonstrada, foi preparado para a impressão dos recibos desse módulo. É preciso saber onde, exatamente, está esse arquivo, porque, se o caminho estiver errado, ocorrerão problemas no momento da impressão do recibo. O conteúdo desse arquivo define como será impresso o recibo e pode ser escolhido por cada prefeitura.
Assim, ao entrarmos pela primeira vez na configuração, o Urbem trará o seguinte caminho: “protocolo/processos/reciboProcesso.xml”.
"Mensagem": campo obrigatório, do qual deve constar um texto padrão a ser impresso no recibo. O texto fica a critério do usuário.
"Número de Cópias": é a definição do número de cópias de impressão do recibo.
"Carta Temporária": deve constar um texto padrão a ser impresso na carta de arquivamento temporário de processo. É um texto que fica a critério do usuário.
"Carta Definitiva": deve constar um texto padrão a ser impresso na carta de arquivamento definitivo de processo. É um texto que fica a critério do usuário.
"Geração do Código": campo onde será definida a maneira como o Urbem vai controlar a numeração do código do processo. Podendo ser: automática – significa que o próprio Urbem irá gerar o código de forma sequencial, e manual – será o próprio usuário quem irá digitar o código de processo e fará o controle da numeração, separadamente.
"Máscara do Código (Processo)": campo onde será exibido o código do processo, conforme definição do usuário (ex.: somente números: 99999 ou números e ano: 99999/9999).
"Máscara do Código (Classificação)": campo onde será exibido o código da classificação/assunto, conforme definição do usuário (ex.: 999.999).
A classificação de assunto é referente ao processo, ou seja, qual o assunto de que o processo trata. Existe um cadastro separado para controle e seleção dessas classificações.
Depois de definidas as configurações necessárias, conforme critério adotado pela prefeitura, basta selecionar o ícone 
para gravá-las no banco de dados.